In Baga zou het de tweede keer zijn geweest dat een grootschalige slachtpartij plaatsvond sinds de jihadisten de plaats afgelopen weekend innamen.
Eerder was sprake van meer dan honderd doden, maar over het aantal is nu onduidelijkheid.
Strijders van Boko Haram begonnen dinsdag willekeurige mensen dood te schieten en gingen daar ook woensdag mee door, zeggen getuigen. De militairen die Baga hadden moeten beschermen, zijn dit weekend gevlucht.