De 59-jarige coach is de opvolger van Krunoslav Jurcic, die eind augustus werd ontslagen na de 2-0-thuisnederlaag tegen Austria Wien in de play-offs van de Champions League. Dinamo slaagde er in Oostenrijk vervolgens niet in die nederlaag goed te maken.
Ivankovic was tussen 2006 en 2009 al twee keer trainer van de Kroatische topclub, die in de groepsfase van de Europa League één van de tegenstanders van PSV is.