De Slowaak was de snelste van een kopgroep van vier renners, die in de natte slotfase van de 203 kilometer lange etappe van Montreux naar Meiringen was ontsnapt.
De Zwitser Mathias Frank maakte deel uit van dat kopgroepje en de renner van BMC nam de leiderstrui over van de Australiër Cameron Meyer.
De Portugees Rui Costa en de Tsjech Roman Kreuziger waren de andere twee in het vluchtgroepje, dat zich op de slotklim van 12 kilometer had gevormd. Zij waren aan de finish niet opgewassen tegen de sprintkracht van Sagan, maar deden wel goede zaken voor het algemeen klassement. Kreuziger (Team Saxo) is tweede op 25 seconden van Frank, Costa, vorig jaar winnaar van de ronde, staat derde op 0.35.
Mollema
Bauke Mollema, zondag winnaar van de tweede etappe, deed verwoede pogingen tijdwinst te boeken. De kopman van Blanco probeerde in zijn eentje in de spekgladde afdaling naar de koplopers te rijden, maar hij strandde op 39 seconden van de winnaar. In het algemeen klassement klom de Groninger naar de zesde plaats, op 1.08 minuut van Frank.
Ryder Hesjedal moest de strijd staken. De Canadees, die tweede stond in het algemeen klassement, kwam zwaar ten val en moest met kneuzingen en mogelijk een hersenschudding naar het ziekenhuis worden overgebracht.